El Laboratorio de Control de Alimentos se constituye en el Laboratorio de Referencia Nacional, acreditado de acuerdo a la Norma NB-ISO-IEC-17025 por la Dirección Técnica de Acreditación del IBMETRO. Oferta servicios en Análisis Fisicoquímico, Microbiológico, Toxicológico, Nutricional y Análisis Sensorial de Alimentos, realizando el control de la inocuidad y calidad de alimentos y bebidas para el Registro Sanitario, Importación, Exportación e Investigación; contribuyendo a las Políticas de Salud en beneficio de la población. El Laboratorio de Control de Alimentos es el responsable de la Coordinación y Evaluación Técnica de la Red de Laboratorios Oficiales de Análisis de Alimentos (RELOAA) del país. Así mismo, es el laboratorio Coordinador Nacional de la Red de Laboratorios de Micronutrientes, para el control de Fortificación de Alimentos.