Permite detectar pérdidas del gen SRY clave para la determinación del sexo masculino. La ausencia de SRY se asocia a fenotipos femeninos en individuos con cromosoma Y, contribuyendo a diagnósticos de digénesia gonadal o síndrome de insensibilidad a los andrógenos. Utiliza sondas específicas marcadas para visualizar la presencia del gen SRY.